Gezien het totaalbedrag van de transacties dat Brainpoint voor haar klanten verwerkt, heeft Brainpoint een Vergunning als Betaalinstelling van De Nederlandsche Bank (DNB). Om de Vergunning te kunnen krijgen heeft Brainpoint moeten aantonen te voldoen aan een groot aantal eisen die door DNB worden gesteld aan o.a. de interne organisatie van Brainpoint, de capaciteiten van het bestuur van Brainpoint, de hoogte van het eigen vermogen van de onderneming en de exacte procedures die worden gevolgd bij de ontvangst- en doorstorting van tegoeden. Om vast te stellen dat Brainpoint blijft voldoen aan de vergunningsvoorschriften staat Brainpoint onder toezicht van zowel De Nederlandsche Bank (DNB) als de Autoriteit Financiële Markten (AFM).